Մատենադարանում պահվող ձեռագրերի ինքնատիպ օրինակներ են բժշկարանները, որոնք բժշկական խորհուրդներ, տեղեկություններ պարունակող գրքեր են։ Միջնադարյան հայ բժշկագիտության տարբեր ժամանակափուլերի բժշկական ձեռագիր մատյանները հիմնականում ամբողջացել են հայտնի բժշկապետերի՝ Մխիթար Հերացու, Գրիգորիսի, Ահարոն Եդեսիացու տոհմի, Ամիրդովլաթ Ամասիացու, Ասար և Բունիաթ Սեբաստացիների, Աստվածատուր սարկավագ գրիչի աշխատություններում։ Հայկական դասական բժշկության հիմնադիր, 12-րդ դարի մեծանուն գիտնական, «Ջերմանց Մխիթարություն» աշխատության հեղինակ՝բժշկապետ Հերացու բժշկագիտական այլ ստեղծագործություններից մեզ են հասել միայն առանձին պատառիկներ, որոնք առկա են Մաշտոցյան Մատենադարանի և արտասահմանյան այլ ձեռագրապահոցների հայերեն բժշկական ձեռագիր սկզբնաղբյուրներում։ Հայ դասական բժշկության ավանդույթների պայծառ բռնկումը եղավ 15-րդ դարի բժիշկ Ամիրդովլաթ Ամասիացու ստեղծագործություններում։ Նա նախորդ շրջանի այն գործի շարունակողն ու զարգացնողն էր, որով, ըստ իր խոսքերի, «զբաղվել են մեր առաջին բժիշկները՝ Մեծ Մխիթարը, բժիշկ Ահարոնը, նրա որդին՝ բժիշկ Ստեփանոսը, և նրանց տոհմը, բժիշկ Ճոշլինը, բժիշկ Սարգիսը, բժիշկ Դեղինը, բժիշկ Սիմավոնը, բժիշկ Վահրամը, որոնք շատ գրքեր են գրել դեղորայքների ներգործության ու օգտակարության մասին»։ Ամասիացին, որն իր նշանակալի ավանդն է բերել միջնադարյան բժշկության գանձարան, ստեղծել է բժշկագիտական երկերի մի ամբողջ գրադարան, գրված մատչելի միջին հայերենով և որոնք գրեթե բոլորը բարեբախտաբար պահպանվել են մինչև մեր օրեր։ Ամասիացին ստեղծել է հայ բժիշկների մի ամբողջ դպրոց, որը գոյատևել է մի քանի դար շարունակ և որի ազդեցության հետքերը նշմարվում են Սեբաստիայի բժշկական դպրոցի ներկայացուցիչների՝ Հովասափ, Ասար և Բունիաթ Սեբաստացիների երկերում։ Միջնադարյան հայ կիրառական բժշկության կարևոր արժեքների շարքին են դասվում նաև Աստվածատուր սարկավագի «Բժշկարանը» (1567թ․), Ասար Սեբաստացու «Գիրք բժշկական արհեստի» (1626թ), Բունիաթ Սեբաստացու «Գիրք բժշկության տոմարի» (1630թ) բժշկակագիտական երկերը։ Բժշկարաններում հիմնականում քննարկվում են բժշկության գրեթե բոլոր կարևոր ոլորտները՝ սաղմնաբանություն, մարդակազմություն, բնախոսություն, մահճաբուժություն, դեղագիտություն, վիրաբուժություն և թերապիա, որոնք դարեր շարունակ հանդիսացել են բժշկական գիտելիքների հանրագիտարան։ Միջնադարյան հայերեն բժշկարաններն ունեն բազմաթիվ ձեռագիր ընդօրինակություններ, ինչը խոսում է նրանց հանդեպ մեծ հետաքրքրության մասին։ Մատենադարանում պահվում են հարյուրավոր Բժշկարաններ։
